El coronavirus ha puesto al mundo patas arriba, y sabemos que la investigación es la única forma de darle la vuelta. Los médicos e investigadores de Stony Brook Medicine están dirigiendo estudios interesantes que abordan muchos aspectos de este nuevo virus, desde el inicio hasta la recuperación y la prevención.
Bajo la dirección del decano Kenneth Kaushansky, la Escuela de Medicina Renaissance de la Universidad de Stony Brook ha desarrollado un Data Commons COVID-19 de Stony Brook Medicine, que apoya la gestión integrada, la consulta y el análisis de datos clínicos, radiológicos, patológicos, espaciales y moleculares. Los datos clínicos capturan toda la información disponible sobre los síntomas del paciente con COVID-19, antecedentes médicos, antecedentes familiares, curso clínico, tratamiento y respuesta, así como elementos de datos relacionados con la demografía del paciente y las comorbilidades. Los datos de radiología incluyen todos los estudios de imágenes obtenidos durante el tratamiento de cada paciente, incluidos los datos de tomografía computarizada y radiografía de tórax junto con productos de datos derivados por computadora.
Este esfuerzo interdisciplinario altamente colaborativo dirigido por Sandeep Mallipattu, MD; Sharon Nachman, MD; Joel Saltz, MD, PhD; y Mary Saltz, MD, reunieron a más de 50 personas de todo Stony Brook, tanto de East como de West Campus. Este grupo diverso incluyó a todo el equipo de Informática Biomédica (BMI); Becarios de Informática Clínica, residentes de Medicina Preventiva, profesores adjuntos de los Departamentos de Cirugía, Medicina, Anestesiología, Medicina Preventiva, Radiología y Medicina Familiar, estudiantes de Ciencias de la Computación y Salud Pública, y pasantes de la División de Informática Aplicada. Más de 20 estudiantes de medicina dedicaron su tiempo durante seis semanas a recopilar información de las historias clínicas de pacientes, supervisados por residentes y becarios. El Departamento de TI de Stony Brook Medicine jugó un papel decisivo en la recopilación de los datos apropiados, que luego fueron cuidadosamente seleccionados por científicos de datos. No solo se introdujeron los datos de rutina en Data Commons, sino también todos los informes de radiología y notas clínicas para permitir el procesamiento del lenguaje natural para interrogar los datos. Todas las imágenes de radiología también se importaron, aprovechando así específicamente la experiencia en informática de imágenes en Stony Brook. Este esfuerzo intenso y práctico llevó a la creación de un común de datos viable dentro de un mes de comenzar la empresa. Stony Brook Medicine COVID-19 Data Commons es una fuente única y sólida de verdad para COVID-19 en Stony Brook, que proporciona un repositorio de vanguardia para respaldar la investigación de COVID-19 en Stony Brook, así como a nivel nacional.
Los datos actualmente disponibles se integran entre los datos del registro de salud electrónico, el almacén de datos clínicos, las imágenes y la información de revisión de gráficos extraída a mano almacenada en REDCap. También se encuentran disponibles imágenes identificadas con informes vinculados. Se ha desarrollado una tubería para desidentificar imágenes y actualmente hay alrededor de 600 casos disponibles para investigación, y este número crece cada día. Hasta la fecha, el esfuerzo se ha concentrado en los pacientes hospitalizados que son COVID-19 positivos, pero se ampliará para incluir a la población de pacientes ambulatorios. En el futuro, también podrá importar datos genómicos y genómicos. Al tener una fuente de datos curada a través de múltiples tipos de datos, los médicos e investigadores tendrán una poderosa herramienta para aprender más sobre COVID-19, tanto a nivel individual como de población, con el objetivo de mejorar la atención al paciente y facilitar la investigación.